То, что по номенклатуре у них свои обозначения (те, что в скобках) я понимаю, но зачем писать заведомо неверную версию игры? Например, как в данном случае — версия игры 1.01.748.0, а в установщике написано — 1.0. Можно было бы подумать, что это версия установщика, но ведь в большинстве случаев пишут соответствующую версии игры информацию. Думаю, что ответ на данный вопрос не знают и в самом GOG.

По поводу второй части — возможно, ты когда-то получил эту игру бесплатно (когда её раздавали) или ачивки зарабатывались в независимости от способа приобретения игры. У меня похожая ситуация — я точно знаю, что некоторые игры не приобретал никаким образом, но они есть у меня в библиотеке. Как оказалось, если в библиотеке были какие-то определённые игры (купленные или полученные в ходе бесплатных раздач), то ещё одна игра от того же разработчика добавлялась автоматически. Не помню точно с какими играми это было, но вот третий Ведьмак у меня тоже появился в библиотеке GOG сам по себе, причём сразу GOTY-издание. Это не моя игра (в плане предпочтений) и брать её пусть даже бесплатно, а тем более покупать я бы не стал.

Попросту говоря наткнулся на такой же вопрос на DTF но там как всегда много воды. Но один пост там натолкнул на мысль. "GOG - занимается старыми играми и хорошо их оптимизирует под новое железо" (со слов некого пользователя) - наверное им пришлось делать свою маркировку в таком случает. Это как штрихкоды на складе. Да и в стиме так же есть внутренний многозначный код. Это так с наблюдений взято. 
А вот по поводу лаунчера, я же не покупал третьего ведьмака, использовал всего лишь оффлайн установщик. Так вот запустил галакси а там куча достижений оказалось. Хз что с этого будет. Следят что ли за моей пиратской игрой?